En effet, ce sont au total plus de 120 000 pièces archéologiques que le musée possède, rien que pour la période préhistorique, depuis le Paléolithique Inférieur jusqu’au Mésolithique, avec une prédominance toutefois pour le Paléolithique Moyen et surtout le Paléolithique Supérieur.
Issues pour l’essentiel des fouilles anciennes conduites par des préhistoriens reconnus tels que les abbés Bouyssonie, Breuil et Bardon, Jean-Lucien Couchard ou le docteur Cheynier, les collections relèvent pour l’essentiel de l’industrie lithique, même si l’industrie osseuse et l’art -parures et plaquettes gravées en particulier- sont aussi représentés. Elles couvrent un très grand nombre de sites mais seuls les suivants sont exposés, de nombreux autres étant conservés en réserves : Badegoule, Bos-del-Ser, Bellet, Chez-Pourré-Chez-Comte, Dufour, Esclauzur, Font-Robert, Font-Yves, Jolivet, Lacoste, La Chapelle-aux-Saints, Lachaud, Puy de Lacan, Puy de Pauliat, Puyjarrige, Peyrat (squelette), Chez Serre.
Si les sites conservés sont essentiellement des sites locaux, les échanges qui ont pu être réalisés entre les préhistoriens à l’origine de l’établissement font que le musée conserve également des collections issues d’autres sites français mais aussi étrangers. Le musée Labenche est, en outre, en liaison étroite avec les recherches conduites sur les sites de la Grotte de Puyjarrige et de la Grotte Bouyssonie, sites appartenant tous deux à la Ville de Brive.
Pour la période préhistorique, le musée Labenche abrite par ailleurs des documents intéressants parmi lesquels figurent des dessins, réalisés par Ernest Rupin, de sites aujourd’hui profondément altérés ainsi que quelques cahiers de fouilles ou d’études de Jean Bouyssonie.
La période protohistorique est également bien représentée dans les collections du musée grâce aux fouilles qui ont été conduites sur des dolmens sous tumulus ou des tumulus seuls de la région. Provenant notamment du dolmen sous tumulus de la Route Vieille, du tumulus de Montfumat, du dolmen de la Palein ou du site de la Chassagne, ce mobilier funéraire compte des pièces exceptionnelles parmi lesquelles une épée, trois coupes complètes, un brassard et un torque. Le dépôt de la Croix, qui a livré de nombreuses pièces d’harnachement de l’âge du Bronze, est également exposé.